Στον χώρο γραφής, ο επισκέπτης συναντά 900 σύμβολα χαραγμένα σε ξύλο. Οι πρώτες μορφές γραφής στον αιγαιακό χώρο εμφανίζονται ήδη από την 6η χιλιετία π.Χ., ενώ γύρω στο 2500 π.Χ. καταγράφεται η παρουσία οργανωμένης γραφής στη Θηρασία και στο Ριβάρι της Μήλου. Από εκεί, η γραφή μεταφέρεται στην Κρήτη, εξελίσσεται σε Ιερογλυφική και στη συνέχεια σε Γραμμική Α, από την οποία προέρχονται η Κυπρομινωική και η Γραμμική Β. Η εμπειρία ολοκληρώνεται με τη δυνατότητα του επισκέπτη να γράψει το όνομά του στην πρώτη γραφή του ευρωπαϊκού πολιτισμού, την ελληνική Γραμμική Β.

Στον χώρο της «Φάμπρικας των Συμβόλων και των Ιδεών» παρουσιάζονται σημαντικές τεχνολογικές ανακαλύψεις του αιγαιακού κόσμου. Από τα τηγανόσχημα σκεύη της 3ης χιλιετίας π.Χ., ορισμένα από τα οποία φαίνεται να είχαν λειτουργία υπολογιστών κύησης, μέχρι τον μινωικό μηχανισμό υπολογισμού εκλείψεων και τη χρήση φακών μεγέθυνσης, αναδεικνύεται η δημιουργικότητα και η τεχνολογική πρωτοπορία των Μινωιτών και των Κυκλαδιτών.

Στην ίδια ενότητα παρουσιάζει και τις αστρονομικές γνώσεις των προϊστορικών αιγαιακών πολιτισμών. Στα τηγανόσχημα σκεύη της 3ης χιλιετίας έχουν καταγραφεί οι συνοδικές κινήσεις των πλανητών, με έμφαση στον Δία και την Αφροδίτη. Επιπλέον, μέσα από δακτυλίδια και σφραγίσματα αποτυπώνεται η μινωική αστρονομία, με χαρακτηριστικές αναφορές στον Σείριο και στον Ωρίωνα.

Σε ξεχωριστή ενότητα, παρουσιάζονται τα προϊόντα της καθημερινής ζωής μεσα από τα σύμβολα. Το κρασί, το λάδι και τα σιτηρά αναδεικνύονται ως βασικά αγαθά που στήριξαν την επιβίωση και την ανάπτυξη των κοινωνιών. Εδώ, ο επισκέπτης βλέπει πώς οι καρποί της γης δεν ήταν μόνο τροφή, αλλά και σύμβολα ευημερίας, γιορτής και πνευματικής δύναμης..Τα προϊόντα αυτά αποτέλεσαν όχι μόνο τροφή, αλλά και στοιχεία εμπορίου, ευημερίας και πολιτιστικής ταυτότητας.

Ιδιαίτερη αναφορά γίνεται στα θαλάσσια ταξίδια των αιγαιακών πολιτισμών. Χάρη στη βαθιά γνώση της αστρονομίας και στην ικανότητά τους να κατασκευάζουν πλοία μήκους έως 48 μέτρων, κατόρθωσαν να πραγματοποιούν ποντοπόρα ταξίδια. Με αυτά διέσχισαν τον τότε γνωστό κόσμο, διαδίδοντας προϊόντα, τεχνολογίες και πολιτισμικές επιρροές. Ο επισκέπτης μπορεί να κατανοήσει τον καθοριστικό ρόλο που διαδραμάτισε η θάλασσα στην εξάπλωση και ανάπτυξη του αιγαιακού πολιτισμού.